幕末まで存続した峰山藩京極氏の本拠地で、中世にさかのぼる中郡の要地です
住所：京丹後市峰山町吉原馬坊
位置：京都府遺跡マップ
標高：70ｍ 比高：15ｍ
概要：峰山市街地の西北奥に位置する吉原山の山麓に位置しています。吉原山の山頂には、竹野川流域を代表する城館である吉原山城跡が所在します。
当陣屋跡の中心は、御殿の存在した大規模な曲輪で、南西部には虎口の石垣が残存しています。この曲輪の東側には、南北に長い曲輪が存在し、絵図の記載から馬場であることが分かります。
峰山藩は、関が原合戦後に丹後に入部した京極高知が、甥の高通に分藩して元和８年（1622）に成立した藩です。田辺、宮津両藩の京極氏が改易される中、峰山藩京極氏は幕末まで存続しました。当陣屋跡の背後に拠点的な城館である吉原山城跡が存在することは、当地が中世にさかのぼる地域の拠点であったことを示しています。
当陣屋跡は、周辺の市街地化が進んでいますが、近世丹後の要地の一つとして、重要な遺跡です。