科学の甲子園ジュニア全国大会は、「科学好きの裾野を広げるとともに、未知の分野に挑戦する探究心や創造性に優れた人材を育成すること」を目的として行われているもので、毎年、各都道府県の代表が集い、筆記競技や実技競技に取り組んでいます。本校は第１回大会から連続して京都府代表として全国大会に出場しています。（第８回大会は中止）
　今年度は、本校からはＡ～Ｅチームの５チームが京都府予選会に出場し、第１位が本校Ａチーム（中学２年生３名）、第２位が本校Ｂチーム（中学２年生３名）、第３位が本校Ｄチーム（中学１年生３名）となり、そのうちＡチームとＢチームが京都府代表となり、附属中学校の２年生６名が全国大会に出場しました。
　今年度は、都道府県ごとに設置した会場において筆記競技のみを実施する（例年は筆記競技と実技競技が行われる）という形式となりましたが、代表６人で協力して、物理、化学、生物、地学、数学、情報の出題に挑み、数学分野と情報分野ではそれぞれ第１位（同一順位あり）、総合成績では第３位を獲得しました。総合成績としては過去最高の成績です。